العلاج الدوائي للأسباب الأساسية لحصوات الكلى ، مثل استعمال مدرات البول من نوع الثيازايد thiazides في حالات زيادة إفراز الكالسيوم ، وسترات البوتاسيوم لحالات نقص إفراز السترات ، أو ألوبيورينول allopurinol في حالات زيادة إفراز حمض البول سيخفض نسبة تكرار حدوث الحصوات . وزيادة شرب الماء سيخفض ذلك أيضا ، كما ثبت في أحد التجارب . والعلاج الغذائي العقلاني (الحمية) مفيد أيضا.
الفوائد الاقتصادية للوقاية من تكرار تشكل الحصوات تجاوز كلفة التقييم التشخيصي والعلاج . ويجب إجراء تقييم أيضي كامل لجميع المرضى المصابين بحصوات الكلى . أما بالنسبة لأولئك الذين لا يستجيبوا إلى المعالجة الطبية ، فإن التقنيات الجراحية الجديدة ، بضمن ذلك تفتيت الحصوات بالموجات الصادمة من خارج الجسم extracorporeal shock-wave lithotripsy ، عملية حصاة الكلية عبر الجلد (بالمنظار) percutaneous nephrolithotomy ، منظار المسالك البولية ureteroscopy ، و تفتيت الحصى بالليزر laser lithotripsy تعتبر تحسينات على الخيارات الجراحية الأقدم لهذا المرض المؤلم .